Ботаническата градина в град Йена е втората най-стара ботаническа градина в Германия, създадена в далечната 1586 г. и само шест години след създаването на първата ботаническата градина от такъв тип в Лайпциг. XVI и XVII век са времена, в които създаването на hortus medicus освен очевидно модно, се оказва и нужно за развитието на науката начинание. Ботаническата градина е създадена близо до тогавашното местоположение на Йенския университет, но много бързо, още през 1630 г., се налага тя да бъде преустроена и разширена под ръководството на професор Вернер Ролфинк, дошъл от ботаническата градина в Падуа, която е първа за Европа и следователно образец и модел за всички останали.
През 1640 г. дук Вилхелм IV Саксонски осигурява парцел от 1,3 хектара на север от града и така за 23 години градините стават две, както се е случвало и на други места в Европа, където благородниците са се намесвали в делата на учените. През 1663 г. втората градина отново се превръща в място за почивка на тези благодородници, а първата, която е разширена през 1662 г., остава единствената ботаническа градина в Йена за следващите 130 години. Приблизително по това време в нея е построена първата отопляема оранжерия и следователно нейни питомци стават и някои тропически видове, донесени от пътешественици.
През 1770 г. градината въвежда класификацията на Карл Линей, а няколко години по-късно дук Карл Аугуст назначава Гьоте за ръководител на всички институции, свързани с наука и изкуство, и с негова помощ е създаден и Йенският институт по ботаника. През следващите десетилетия Гьоте често е работел и пишел в градината, а гинкото засадено именно по това време все още е живо. През 1794 г. Гьоте назначава Аугуст Йохан Георг Карл Бач за пръв директор на градината, а първият ѝ каталог е издаден през 1795 г., когато тя вече се е сдобила с богата колекция от растения.
Градината едва оцелява при битката при Йена-Ауерщед от 1806 г., част от Наполеоновите кампании. Чак до 1819 г. в нея има само 50 саксийни растения в оранжериите и около 200 вида извън тях. През 1820 г. е построена допълнителна оранжерия, а вече съществуващите са преустроени, така че да се превърнат в orangery (предимно за цитрусови растения или изобщо екзотични плододайни растения), palm house (за влаголюбиви и тропически растения) и cold house (оранжерия, която няма нужда от отопляване и която обикновено се ползва за аклиматизиране на някои видове от преходни климатични зони). В края на XIX в. градината е изцяло преустроена и по това време е дом на 2020 вида от 85 семейства, без да броим билковата градина и цели 13 групи от саксийни растения от далечни кътчета на земното кълбо. В средата на XX в. тази колекция е набъбнала до около 2000 семейства, към които са добавени още около 300 със създаването през 1953 г. на Alpinum-а. В края на 60-те е построена оранжерията Victoria House, а модерните сгради, които можем да видим днес в градината, са строени в края на 80-те години.
Днес в градината се отглеждат около 12 000 растения, а в арборетума в частност около 900 иглолистни и широколистни дървета и храсти, систематичната градина пък е подредена по нова и модерна класификация. В Йенската градина продължава да се поддържа билкова или медицинска градина, а колекциите от рододендрони, рози и далии са гордостта ѝ. Оранжериите в градината приютяват кактуси и сукуленти, палми и тропически растения, в специалната Evolution house се отглеждат древни видове като цикасовите палми и дървесните папрати. В топлата и влажна Victoria house се отглеждат растения като капризната Victoria cruziana, мангрови дръвчета и различни видове от семейството на епифитите – от орхидеите в тропичния пояс до лишеите по европейските земи. И така – от Европа през целия свят, вече пето столетие, една от първите европейски ботанически градини е част от забележителностите на Йена.
