Музеят на папската институция в Рим всъщност не е един-единствен музей, както и едно-единствено пространство. Той не само съхранява огромни колекции от изкуство, археологически, етнологически и антропологически обекти – някои от най-красивите и необикновени стаи в апостолическите дворци са част от богаството на Ватиканските музеи. Историята на основаването им е тясно свързана с класическото изкуство, а изборите на папите на места за почивка и размисъл превръща покоите им в изящни и вечни произведения. Нека да разгледаме заедно.
Официално началото на музея е поставено през XVI век, когато мраморната скулптурна група Лаокоон и неговите синове е открита в лозе в близост до базиликата Санта Мария Маджоре в Рим. Папа Юлий II, представител на институция, която вижда себе си като наследник на римската история, изпраща художниците Джулиано да Сангало и Микеланджело да изследват и оценят откритието. След препоръката им папата закупува Лаокоон и само месец след откриването ѝ скулптурата е изложена във Ватикана. Именно Юлий II възлага на Микеланджело осъвременяването на Сикстинската капела, която е официално открита с тържествена меса по повод Деня на вси светии на 1 ноември 1512 г.
Първите папи, които възлагат на художници работа в Апостолическия дворец, са Николай V с Niccoline Chapel – малък параклис в центъра на двореца, изрисуван с фрески от доминиканеца Фра Анжелико. Традицията в това отношение продължава с наследника на Николай V, папа Александър VI Борджия, който избира за свои покои хубавото крило от двореца и възлага украсата му на Бернардино ди Бето, известен като Пинтуричио. Изключителните фрески по стените на свързаните стаи, създадени от художника, са видени от публика едва в края на XIX век, а покоите на Александър VI така и не са обитавани след смъртта му. Днес те приютяват ватиканската колекция от съвременно изкуство, която лично папа Павел VI открива през 1973 г.
Наследникът на папа Александър VI Борджия е Юлий II, който освен че поставя началото на колекциите с антично изкуство, възлага и изрисуването на своите покои на Рафаело. Проектът е така мащабен, че художникът продължава работата си и по време на следващия папа – Лъв X, който е от друга могъща фамилия – Медичи. Стаите на Рафаело, както са кръстени покоите на Юлий II, са сред забележителностите на Ватиканския музей. Те цели пет и част от тях са рисувани от учениците на Рафаело след смъртта му през 1520 г. Десетилетие преди това папата възлага строежа на т.нар. loggia – дълъг коридор вътре в двореца, по който също работят Рафаело и учениците му, които рисуват и стаите Chiaroscuri, известни също като Папагалските стаи, използвани като дом на папските птици, когато папата не се е срещал в тях със своите кардинали.
Сред най-мащабните проекти, вихрили се в Апостолическия дворец през вековете, е този, възложен от папа Грегорий XIII – той искал стените на стая близо до Сикстинската капела да бъдат изрисувани с 40 големи и подробни карти на Италия. Така се ражда Галерията на картите (а картите са и наша страст, не само папска), която е открита през 1581 г. и е пример как науката и изкуството могат да се срещнат в голямата 120 на 6 метра зала. Същинската колекционерска дейност на ватиканския музей набира скорост през XVIII век, когато папската институция придобива находки от археологическите разкопки в Рим и Лациум. По същото време се случва и друго – под влияние на идеите на Просвещението е създадена институцията на музея, каквато я познаваме днес. Двама са папите, които работят за създаването на най-старата част от музея – Pio Clementino Museum – Клемент XIV и Пий VI. В центъра на Pio Clementino е така наречения Осмоъгълен двор, създаден през 1770 г., около който в кръг са подредени Галерията със статуите и залата с бюстовете, Залата на животните, Залата на музите, Кръглата зала, Кабинетът с маските и Галерията със свещите.
Папа Пий VI е папата, който през 1790 г. слага началото на колекцията от картини на ватиканския музей – 117 безценни творби, някои от които, заедно с шедьоври от другите колекции на музея, няколко години по-късно са предадени на Франция след подписването между нея и Папската държава на т.нар. споразумение от Толентино. Наследникът на Пий VI – Пий VII почти реваншистки опитва да попълни обеднелите колекции на музея и определено успява – налага се да бъде отворена нова секция, в която да бъдат излагани новодобити произведения на изкуството – това е Chiaramonti Museum, по светското име на папата. Благодарение на усилията на главния инспектор по изящните изкуства Антонио Канова една голяма част от иззетите от Франция творби са възстановени след Виенския конгрес през 1815 г. Така през 1822 г. се оказва, че се налага отварянето на ново крило за музея, наречено просто Новото крило. Тази част от музея се превръща в посветена и почитаща класическата епоха и нейното изкуство. Тук се съхранява статуята на император Август, известна като Augustus from Prima Porta, както и статуя на Нил, вероятно декорирала двойния храм на Изида и Серапис в древен Рим.
Следващият папа, Грегорий XVI от времето на Рисорджименто, създава два изключително важни за Ватикана музея – Gregorian Etruscan Museum и Gregorian Egyptian Museum. На същия папа се пада честта да основе и Gregoriano Profano Museum в стария апостолически дворец Lateran Palace, ползван от папската институция цяло хилядолетие, между IV и XIV век. В Gregoriano Profano Museum са изложени експонати от езическите времена на Рим, както такива открити при разкопки през XVIII и XIX век, така и такива, които задълго са пазени от Папската държава, без да има къде да бъдат изложени. Разбира се, периодът след покръстването на Римската империя, е не по-малко интересен за папската институция, така че папа Пий IX основава Pius-Christian Museum, отново в Латеранския дворец. Музеят показва основно раннохристиянски експонати, открити в римските ранни църкви и при разкопки на т. нар. sacri cemeterii. Неговият наследник Пий XI основава през 1927 г. Missionary-Ethnological Museum, който представя култури, различни от европейската, преживели религиозното мисионерство на откривателите си. Музеят съдържа около 40 000 произведения от целия свят. На същия папа се пада и честта да открие Vatican Pinacoteca, събрала най-накрая на едно място цялата колекция от картини на Ватиканския музей.
В средата на XX век папа Йоан XXIII решава да премести всички колекции от стария апостолически дворец в новия, но за целта се налага построяването на нова сграда в съседство, нещо, което се случва при следващия папа Павел VI – папа, оказал се реформатор заради желанието си да изгради мост между папската институция и съвременното изкуство със създаването на Collection of Contemporary Art – най-голямата в света колекция от изкуство, създадено през последните двеста години. На папа Йоан Павел II се пада откриването на няколко вътрешни отдела, които са характерни за всеки музей – лаборатории за консервация и възстановяване на различни експонати, а по негово време се случва и пълното възстановяване на Сикстинската капела, продължило според сайта на музея повече от три десетилетия. През 80-те години ЮНЕСКО включва Ватиканските музеи в своя лист с обекти на световното наследство, заради изумителната колекция от произведения, събирана от папите в продължение на векове. А всичко започнало от само един камък, върху който някой построил Църква.
